Le prime notizie su Salci risalgono al 1243, anno scelto da Federico II di Svevia per definire i confini dei possedimenti di Castel della Pieve. Gli acquitrinosi terreni adiacenti agevolarono una prospera attività agricola dando luogo ad un insediamento sparso. Un grande progetto di bonifica fu realizzato nel 1780 – il duca di Salci era Pio Camillo Bonelli – con i lavori di incanalamento dell’affluente tiberino, Tresa, verso l’Arno. La strada per il borgo fu eseguita nel 1834 sul tracciato medievale.
Fino alla metà del secolo scorso Salci contava circa 1500 abitanti, poi ha cominciato a spopolarsi, l’ultimo residente fu un prete e dopo la sua morte è cominciato il declino e l’abbandono. Negli anni ’90 del secolo scorso se ne era iniziato il ripristino, grazie alla concessione di fondi europei, ma i lavori non sono mai stati portati a termine.
Oggi il complesso, in larga parte di proprietà privata, versa in condizioni di estremo degrado, se ne sconsiglia la visita per motivi di sicurezza.