La chiesa della Madonna delle Grazie venne costruita a nord dell’abitato di San Giovanni d’Asso, lungo la strada per Asciano, alla fine del XVI secolo. Nel 1816, Girolamo Marsili, pievano di San Giovanni Battista in San Giovanni d’Asso, affidò a Luigi Crocini la ricostruzione della cappella, essendo in stato rovinoso. La ricostruzione terminò due anni dopo, nel 1818 e il 19 settembre 1819 la chiesetta venne consacrata. Danneggiata durante la seconda guerra mondiale, i danni sono stati riparati nel dopoguerra.
Nel XVII secolo la cappella era affidata alla cura di una rettrice che aveva il compito di farvi celebrare la messa ogni prima domenica del mese.
